首長職掌：
綜理本所業務及指揮監督所屬人員策劃推動海洋、養殖漁業各項試驗研究工作。
會計主任職掌：
承所長指揮監督下依法處理預算編製、執行督導、內部審核，決算審查及財務上之稽察。
行政課職掌：
承所長指揮監督下、綜理行政庶務、人事、採購、財物及出納等業務計畫釐訂執行及水產加工等事項。
海洋漁業課職掌：
承所長指揮監督下，執行漁場調查開發、漁具漁法改進推廣試驗、海洋生態環境調查、海洋資源調查及試驗船運用維護及船員管理等事項。
養殖漁業課職掌：
承所長指揮監督下，執行魚介貝藻類繁養殖試驗研究、魚病檢驗防治、水產繁養殖技術之開發、辦理漁村養殖技術訓練輔導及負責本縣水產養殖技術指導等事項。