本所前為金門縣農業試驗所附設之水產站，成立於民國五十七年，為因應本縣漁業發展需要，於民國六十九年擴編為『金門縣水產試驗所』，從事經濟魚、貝類繁養殖試驗、魚病防治、海洋資源、生態環境調查、漁業基礎科學研究、水產食品之研發及漁業技術輔導諮詢服務等工作。為配合環境變遷重新調整方向，以「從事基礎研究、發展鄉土魚種」為策略，期使金門漁業加速邁向現代化。
