維護生態多樣性與保持生態平衡，讓人類賴以生存的資源得以永續利用，並能建構生命、生活、生產、生態等「四生」的和諧與展。
本所研究發展方向以具本土化、潛力性、市場性及水產生物科技為原則，以有效結合地區漁業發展、服務漁民，繁榮漁村經濟。
持續推動本縣海洋環境與資源調查，加強資源復育與保育，營造海洋牧場，有效推動地區觀光休閒漁業發展。