自5月中旬來，縣府建設處及水產試驗所陸續接獲牡蠣養殖戶反映，有關牡蠣生物體出現櫛狀鰓呈現明顯黑色，或養殖區水體漂散類似油花汙染斑點等情況，在獲報的第一時間，水產試驗所人員即與相關單位趕赴現場了解，並作成以下判定提供民眾了解。
5月12日至古寧頭北山海岸及安岐海岸現場了解，此二處地點的牡蠣肥滿度與月初相比大幅消瘦，初步判定因肥滿度不佳，而導致牡蠣黑色部分的組織變得明顯，應是與當時天氣溫差大且悶熱，又逢雷雨有關。當日在古寧頭北山岸際潮池內發現有球型棕囊藻，即採樣了解。牡蠣等到生殖腺飽滿後一旦受到外界刺激，比如暴風雨後的鹽度變化或者是滿潮帶來的溫度變化等，就會開始排卵，放精，但此時也是牡蠣最虛弱的時候，如之後再加以天氣或溫度劇烈變化，後續就有可能因體弱而導致開殼。牡蠣成熟的精子和卵子被排出體外後，就會在海水中受精、孵化並發育，水中的幼苗隨波逐流，自然附著在載體上開始成長。
另於5月15日，有蚵民反應養殖區水體漂散類似油花汙染斑點，懷疑有汙染情形，針對此情形，接獲反映當日即邀集縣府建設處及水產試驗所，與環保局人員至該現場查看，該處水體並無異狀，現場並無油氣或油汙情形。為求謹慎，當下也轉往古寧頭沙崗海灘，經查看該地點水體也並無異狀，經民眾提供的相片判定，應是球型棕囊藻，通常大雨過後，陸地的雨水衝入海中，金門地區周遭海域營養鹽會增加，加上沿岸海流蓄積，在海邊就會造成藻類的增生，對於養殖區水質無影響。
有鑒於極端氣候，未來此等事件於夏季或季節轉換之發生頻率亦有增高的可能性，水產試驗所於108年因本縣部分養殖區牡蠣夏季不明原因大量死亡，特採集樣本共20件，委託國立臺灣大學獸醫專業學院獸醫學系進行病理切片檢查，期找出特定病原，以利於預防。綜合檢驗單位報告結論：本次的病理切片檢查，並沒有觀察到特定病原的存在，而且由病理切片的判讀，該情形較傾向是飼養管理所造成。